合作勘探开发协议违反自然保护区条例禁止性规定，因对自然生态造成严重破坏损害环境公共利益无效
双方签订的《合作勘探开发协议》违反了《中华人民共和国自然保护区条例》的禁止性规定，如果认定该协议有效并继续履行，将对自然环境和生态造成严重破坏，损害环境公共利益。根据《中华人民共和国合同法》第五十二条第四项、第五项之规定，《合作勘查开发协议》应属无效。